先礼后兵, 商毅到是不反对, 国家行为就是这样，虽然只是一个形式，也必须走一走，当然写警告谕文这个光荣的任务也落到王夫之身上，谁让他是大才子呢？商毅只有一个要求，用词必须严厉，态度必须坚决。
随后商毅也立刻开始安排布置，南京政府在菲宾律设有两个商馆，不过所谓商馆，其实就是一个小型的城堡，平时可以储货住人，在突发事情发生之后，也可以转变成为战斗堡垒。不过菲律宾毕竟不是琉球，南京政府不可能名目张胆将商馆修建成军营，因此毎个商馆的面积都不大，最多只能容纳三千人左右。
现在调集兵力，战船，准备物资，还需要一定的时间，好在是目前所知的消息来看，大屠杀尚未发生，因此商毅首先下令段鹏，从南京军区的特种师中，抽调出二个营的兵力，必须是最精锐的人马，立刻随商船一起出发，赶奔马尼拉，做为先期的军队，一但屠杀事件发生，就地展开与西班牙军战斗，同时守住商馆和港口，为后面的大队人马到来，先期建立一个滩头基地。
同时随商船一同还带出大批的武器，好在大屠杀发生之后，武装当地华人，与西班牙殖民者和当地土著战斗。
另外上一次兵工厂向商毅展示的几件新式武器，己经过去了三个多月，也都各制造出来一些，商毅也决定给先头部队装配一部份，利用这次战斗，试验一下这些武器的性能。装配的武器有速射一型、二型步枪各一百二十支，六管、九管、十二转轮连发枪各二十架，单管斗方填弹连发枪五十架，多管填弹连发枪十架，还包括有二十门火炮、虽然其中沒有重型火炮，但却带了不少霹雳火箭。还有大量的手榴弹。
而段鹏接令之后，也向商毅推荐了南京军区第七军特种师特种三团的第一五营和第二十三营，由团长宋协昌亲自带队。特种七团是一个老番号特种部队，而这两个营也是特种兵里的王牌，当初商家军强攻天险仙霞关，就是由这两个营担任主攻，当时宋协昌还是一个营长，在重新整编军队之后，晋升为团长。当年从悬崖峭壁爬上仙霞岭的那一个班幸存的三名士兵中，班长房箴己经出任一五营营长、战士刘晓一、温中都晋升为连长，因此两个营也确实是精英部队。
商毅对段鹏的安排也十分满意，并且接见了宋协昌、房箴和另一名营长韦章裕，告诉他们这一战的重要性。
而张庚秋得知商毅果然派出人马，出征菲律宾之后，又一次来求见商毅，自告奋勇要带着自己一家随军一起出战，帮助第一批军队，同时也可以组织当地的华人，一起团结起来，抵抗西班牙人。而商毅也考虑到，有一个在当地有一定影响力的人出面，对先期部队确实有帮助，因此也同意了张庚秋的请求，并对他们一家再三感谢，同时又咛嘱宋协昌，一定要保护好他们一家的安全。
最后商毅还决定，出动自己一支暗藏的军队，大明版的加勒比海盗，李华梅舰队，支援对菲作战。
自从将李华梅的海盗经过包装之后，李华梅就带领着这支山寨版的加勒比海盗，在南洋一带海面上打劫外籍商船, 抢到的商品货物就送到杭州来销脏, 并且换取军需物资、粮食、武器、战船等等，装配自己的海盗部队，因此现在李华梅的海盗团队势力大增，虽然还达不到当年十八芝那样的水平，但也不再在小打小闹的小毛贼了。
因为她们活动的地方遍及整个南洋地区，而且随时都可以出动，因此商毅也决定动用这支秘密舰队，从海上支援先期低菲的部队作战，在必要的时候，还可以登陆作战。
随后商毅又找到在南京的天主教传教士，直接告诉他们，自己将要向菲律宾发动进攻，要求派出一名洋和尚，为自己向西班牙人传递警告，并且将王夫之所写的谕文翻译成西班牙文，请洋和尚带给查孔。
汤若望得知西班牙人又要在菲律宾搞大屠杀，也不禁大吃一惊，他当然知道，商毅可不同于他以后见过的几名中国皇帝，把商毅比作中国的亚利山大大帝或是凯萨大帝也丝毫不为过，如果他说要进攻马尼拉，那可就绝不是说着玩的，而且他对双方的实力也有所了解，也知道西班牙人根本就不是南京政府的对手。
当然汤若望但心的并不是西班牙人的命运，而是自己在菲律宾的那些同行们。正是漏底怕老乡，汤若望当然知道在菲律宾的同行们是什么徳行。
在大航海时代开始的时候，葡萄牙人口号是“种族与灵魂”，而西班牙人的口号则是“黄金、荣耀和福音”，基本上都带着宗教圣战的影子。可以说从大船海时代的开始，也是天主教会对外扩张的开始。而这其中又以西班牙人的宗教信仰更为狂热一些。因为现在的西班牙哈布斯堡王朝就是以天主教会的保护者而自居。
菲律宾已经是西班牙人的天下，因此天主教会在菲律宾的势力极大，传教士多达数百人，由其是马尼拉大主教，可以参与菲律宾的重大决策事务，连历任的菲律宾总督也要让他几分。
而天主教会在菲律宾传教活动可不比在中国，像个小媳妇一样处处小心，处处委屈求全。完全可以橫着走，各地的分舵都设有宗教审判所这一机构，只要指定谁是异教徒，就会立刻被抓走关进审判所里。因为中国人信仰宗教往往都是多种宗教并存，而天主教本身带有很强的排他性，完全是唯我独尊，因此在传教士的眼里，中国人绝对都是异教众，都该死，在前二次马尼拉大屠杀中，天主教会也起了不小的煽动作用，有少数传教士甚致还亲自操刀上阵，残杀了不少华侨。
汤若望当然知道，商毅对天主教其实半点信仰都没有，因此如果这些传教士落到商毅手里，下场自然是可想而知。尽管汤若望对自己的这些同行的行为也不赞同，但毕竟都是同一个组织的人，也不希望他们死在商毅手里。但天主教会在马尼拉的成份及为复杂，大体分四个教会：奥古斯丁会，方济各会，多明我会，耶稣会。而在中国只有耶稣会这一个教会，这几个教会互相之间也存在竞争，因此中国教会最多只能在马尼拉的耶稣会中说得上话，和其他几个组织，基本都没有来往。就算想帮忙调解，也使不上力。
而接到了商毅的要求之后，汤若望和其他洋和尚们商议于一夜，最后决定，派阿科尼亚为首，带领傅汎际、阳玛诺、郭纳爵三名葡萄牙籍传教士，一起赶奔菲律宾，首先尽力调解双方的关系，如果实在调解不了，则尽可能保全一部份传教士，以及教堂、教众，当然是在保证自己站稳中国一方立场的情况下，毕竟自己的利益才是最重要的，付不容易在中国打开了这么一个局面，汤若望也不想放弃。汤若望到是也听说过中国的那句老话：死道友不死贫道。
就这样，在三天以后，六艘装载着士兵、传教士、武器、粮食、弹药以及为了掩人耳目而带上的少量商品的商船从杭州出发，驶向菲律宾而去。
而在另一方面，內阁派去和清廷来使交涉的官员也和他们碰了面，但双方只谈了一次，就立刻谈崩了，因为清廷根本就不想割让任合的土地，只想以现在的疆土为边界，签定和约，这显然和商毅的要求不符。当然这一次出面的都是小人物，只付责传话，而没有决策权，无论是谈成还是谈崩，都不是他们所能拍扳决定的。因此只能互相表示，回去请示上级，再做定夺。
商毅接到回报之后，也有些觉得好笑，觉得多尔衮似乎有一点很傻很天真，如果以现有基础还谈个毛。当然也不排除多尔衮只试探一下自己的态度，谈不成就谈不成吧，那样打起来也就全无顾忌了。当然现在这个时候，还是全力准备菲律宾的战斗。
不过这时也有好消息传来，就在六月二十二日，亚莉桑德拉生下了一个女孩，这也是商毅的第二个女儿。虽然前两个孩子都是女儿，但商毅依然十分高兴，因为他对男孩女孩一样看待，虽然说作为君主，诞下一个男孩来继承事业可以说是一个必须完成的任务，但现在商毅也还年轻，还有足够的时间，何况家里还有一个孕妇。
但就在合府上下都沉浸在一片喜悦之情里的时候，安全部的周琦来求见商毅，递给商毅几份报告。商毅看完之后，也不禁脸大变，道：“竞有这种事情。”
周琦点点头，道：“回禀王爷，千真万确，决无虚假。”
商毅把这几份报告又看了一遍，才指着几处地方，道：“这里有几点疑问的地方，你马上分派人手，去查清楚，致于怎么处置，由我来处珵。”
周琦答应了一声，立刻退下。而商毅坐在椅子上，久久无语。