而中华军也迅速在马尼拉城里展开队伍, 一面追击西班牙士兵, 一面逐步逐步占领马尼拉城。
这时整个马尼拉城里己是一遍大乱，到处都是枪声、爆炸声，西班牙士兵，土著兵、马尼拉城里的居民都像没头的苍蝇一样，在城里四处乱跑，因为谁也没有想到，号称固若金汤的马尼拉城竟然只用了两天的时间，就被中华军给攻破了，确切的说，中华军开始正式的攻城，实际只用了一天的时间。因此谁都沒有做好逃跑撤离的准备，而现在中华军攻入马尼拉城之后，这才都着了慌，有些人赶忙七手八脚的收拾东西，也有人干脆什厶都不拿，冲出了家门，寻路逃跑，结果互相推挤践踏，还有一些人被误杀。当然也有少数人趁火打劫，闷声发财。
马尼拉城的城市规模本来就不大，不一会儿查孔就带人退到城市中心的十字路处，菲律宾总督府和奥古斯丁大教堂在这里各占一个尖角。这时在查孔身边聚集了两百多名西班牙士兵，而且邦班牙部的酋长阿诺基三世也带着一百多名护卫队，和他们汇合在一起。
而几经颠波之后，昏迷的大主教也终于酲来，几个人立刻聚在一起商议，下一步该怎么办，阿诺基三世建议，马尼拉城是守不住了，因此不如先退到邦班牙部去，然后再另想其他的办法。
事到如今也沒有其他的路可走了，因此查孔和弗朗西斯科也只好决定，先到邦班牙部去暂躲一时，然后再做打算。
就在这时，从斜刺里忽然杀出一支中华军，一下子将他们的队伍给冲乱了，弗朗西斯科和阿诺基三世在一起，赶忙向另一个城方的方向逃去，而查孔却被这支中华军给挡住，杀不出去，被打得退进了总督府里拒守。但这时中华军己经基本控制住马尼拉城，于是将总督府给团团围住。
查孔抵挡了一会，也知道现在大势已去，因此只好举手投降。而这时大主教却在阿诺基三世的保护下，终于从马尼拉城里逃了出去，到邦班牙部去暂时躲避。
到下午三时左右，马尼拉城里的战斗基本结束，中华军己经完全控制了马尼拉城， 商毅接到消息之后，才带领着众人进驻马尼拉城，这座像征着西班牙在马尼拉的殖民统治的城市，也正式迎来了他的新主人。
这时中华军的士兵正在清理着城市里的尸体和血迹，搜查有没有漏网的西班牙人，并且查封库房，等着有人束清点。不过总督府己经率先清理出来，做为中华军在马尼拉的临时指挥部，商毅和中华军的主要将领都入住到总督里，阿科尼亚住进了对面的奥古斯了大教堂里。而张庚秋等其他主要的华人成员住进总督府傍边的基他房屋里。因为现在马尼拉的居民己经全部都被抓捕起来，集中关押，所有的房屋也都空置了下来。
到了晚上，战果也统计出来，这一战中华军只阵亡了一百八十七名士兵，另有二百一十三人受伤，而打死了西班牙士兵五百七十五人，待从兵三百二十七人，土著兵两千三百四十六人，城中居民死亡六百六十九人，其中有一百三十二人是西班牙人。俘虏西班牙士兵四百三十三人，其中军官有十二人，包括总督查孔和摩莱尔上校。待从兵二百八十二人，土著兵一千二百七十五人。城中居民二千八百五十二人，包括西班牙一千二百四十四人。另外还有传教士五十七人。但在死亡人员和俘虏中，并没有发现大主教弗朗西科。
另外还缴获火枪四百余支，火炮五门，刀枪武器等三千余件，还有二十六匹安达卢西亚马。粮食约有两千余石不过在马尼拉城中搜找出来大量的金银，不过种类繁多，各国的金银币，金锭银锭也有，而且居然还发现数百枚中华宝币。
将金铱全部测算成重量之后，黄金有八万四千八百余两，白银有一百一十七万五千余两，另外还发现了不少贵重物品，粗略估算，大约价值中华宝币三百万圆左右。而其中居然有四分之一的钱财，是在奥古斯丁大教堂里发现的，这还不算教堂里装饰的金银制品，看来马尼拉的洋和尚也属于先富起来的那一批人。
商毅也不禁大为高兴，虽然说在攻下圣地亚哥堡之后，夺到了十几艘战船，造船厂，都价值不菲，但这些并非真金白银，而在搜找到这批钱财之后，这一次海外作战，又是一次赚得盆满钵满的战斗。回去以后，对内阁也有交待了。而且西班牙人在菲律宾地区殖民八十余年的积累财富，果然不是一个小数字啊。可惜这就是家门口的风水宝地，在另一时空里的中国，居然拱手让给了他人。
正当商毅因为又大赚一笔而高兴的时候，阿科尼亚从奥古斯丁教堂过来求见。
这时已经是深夜十点多钟的时间，将阿科尼亚让到客厅里坐下之后，商毅才笑道：“神父，这么晚了，来找我有事吗？”
阿科尼亚的神情有一些尴尬，道：“我来是想向陛下询问，对于抓住的那些修道士，陛下打算怎样处置他们。”
商毅道：“神父，我以前就说得很清楚了，如果是无辜的人，我绝不会胡乱杀戮，但如果是煽动、组织、参加了这次大屠杀的人，我决不会轻侥，例如马尼拉的大主教弗朗西斯科，我可以明确的告神父，这个人被我抓住，结局决对是被处死，其他的人则根据他罪行，给予处罚。不过我会组织一个调查会，对这些修道士在这次大屠杀中的行为进行详细调查，不会冤枉一个人，也不会放过一个人。当然如果神父不放心，你也可以加入这个调查会。”
阿科尼亚苦笑了一声，道：“我只想请陛下能够网开一面，侥恕了他们。”
其实阿科尼亚当然知道商毅的决定，刚才在教堂里，他也询问过那些被抓的修道士，按照商毅的标准，绝大多数都将有罪，而被处死的人数估计会占到一半以上，虽然这些修道士和阿科尼亚不属于同一修道，但毕竟是一个祖师爷的门下，阿科尼亚心里总有过已不去，因此这才赶来来向商毅救情。
商毅的脸色变得严肃起来，道：“神父，我们相识了有五年的时间，你应该清楚，我是一个怎样的人。虽然我并不信仰任何的宗教，但我并不会阻止任何宗教在我的治下传播，也不会制止我治下的人民信仰任合的宗教。”
阿科尼亚也点了点头，道：“陛下，您确实是一个开明的君主，虽然您并非主的信徒，但我们和教皇冕下仍然视您为我们教会的最好朋友。”
商毅道：“神父，我也非常感谢您和教皇冕下的友谊。但这并不表示我会宽恕这些有罪的修道士们，这一次我为什么会出兵来进攻马尼拉，而马尼拉大主教，还有奥古斯丁会的传教士在这次大屠杀中，扮演了一个什么样的角色，您应该很清楚。如果他们的罪行能够得到宽恕的话，那么那些在这次大屠杀中死难的华人的冤屈，又到那里去申诉，难到就是因为他们不是天主教的教徒，连生存的权力都没有了吗？”
阿科尼亚苦笑了一声，道：“您应该知道，我们一向都反对将异教徒采用极端手。”
商毅道：“但这只能代神父你的个人观点，并不是所有修道士都有这样的想法。天主教会屠杀异教徒的历史，也不是一天两天的时间了，从十字军东征的时代就己经开始了，神父，我说得对吗？”
阿科尼亚也只付尴尬的笑了笑，没有说话。
商毅道：“这些都是过去的历史，我可以不理会，而且现在的教会也不用为过去的历史付责，不过现在天主教会在欧州仍然拥有许多的特权，但这是在欧州，而在我治下的地方，任何一个宗教都不会有特殊的权力，也都必须尊从世俗的法律，触犯了法律，就必须接受世俗的审判。如果天主教会想在我治下的地方进行传播，也就必须接受我的条件，神父，这一点您应该很明白。”
话说到这个份上，阿科尼亚那还会再不知趣的再劝下去，反正自己也尽力最大的努力，做到仁至义尽，要怪就只能怪这些奥古斯丁会的修道士们自己自作孽。因此也起身道：“陛下，为了这件事情，打挠您的休息，万分的抱欠，我告辞了。”
商毅也起身相送，道：“神父，马尼拉的事情结束之后，我会写信给罗马的教皇冕下，告诉他马尼拉发生的事情，并向他请求招回其他的修会，将马尼拉教区交给耶稣会来管理。因此也希望您也能写信给教皇，如实的向他说明马尼拉的事情经过。”
阿科尼亚听了，心里也不禁一喜，现在中国教区是耶稣会一家的天下，如果马尼拉教区再被耶稣会独占，那么耶稣会在亚州的势大将会得到极大的扩展。不过这件事情还是要和马尼拉的耶稣会主教商量一下。